François Fernandez est né à Rouen en 1960, de parents musiciens (Jazz et Classique). Tout en poursuivant une formation moderne, il commence l'étude du violon baroque avec Gilbert Bezzina dès l'âge de 11 ans. Quelques années plus tard, c'est au Conservatoire Royal de La Haye qu'il se perfectionne, auprès de Sigiswald Kuijken(Diplôme de Soliste en 1980).
Il devient très vite son collaborateur le plus proche: entré à 17 ans dans la Petite Bande, il en devient le premier violon en 1986.
Dans cette période, il travaille également avec les meilleurs orchestres baroques de l'époque: l'Orchestre du 18° siècle dir. F. Brüggen, La Chapelle Royale dir. Ph. Herreweghe, Melante 81 dir. B. de Asperen, Les Arts Florissants dir. William Christie, le plus souvent comme konzertmeister ou en soliste.
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