Первое исполнение оперы Моцарта «Волшебная флейта» состоялось в Вене 30 сентября 1791 года. Либретто на немецком языке написал актёр, режиссёр и импресарио Эмануэль Шиканедер, приятель композитора. Он же исполнял на премьере роль птицелова Папагено. Сказочный сюжет в духе популярных в Австрии волшебных музыкальных комедий представлял собой пёстрое зрелище, наполненное чудесными приключениями и фантастическими существами, которое дополнялось намёками на актуальные события и идеи. Подобно сюжету, многослойна была музыкальная стилистика оперы. Простые песенные номера в духе зингшпиля соседствовали со сложнейшими колоратурными ариями, завуалированные цитаты из И. С. Баха и протестантского хорала — с музыкой масонского церемониала…
Сюжетной канвой «Волшебной флейты» стала история о принце Тамино, отправившемся в сопровождении простака Папагено на поиски принцессы Памины. С помощью волшебных музыкальных инструментов, флейты и колокольчиков, героям удавалось успешно завершить опасное путешествие и обрести счастье: в финале оперы соединялись две счастливые пары — Тамино и Памина, Папагено и Папагена.
В подтексте сказки легко читалась масонская символика. (И Шиканедер, и Моцарт были активными членами масонских лож.) Её воплощало, прежде всего, противопоставление мрака — мира Царицы Ночи и света — царства Зарастро. В заключительной сцене главные герои, Тамино и Памина, пройдя обряд посвящения, вместе со жрецами славили силу, красоту и мудрость богов.
Вскоре после премьеры «Волшебная флейта» обрела популярность, равную той, что снискали её знаменитые предшественницы — оперы Моцарта «Свадьба Фигаро» и «Дон Жуан». После первых исполнений в России силами немецкой труппы, состоявшихся в 1790-х годах, в 1818-м премьера в Петербурге прошла уже с участием русских артистов.
На афише Большого театра «Волшебная флейта» впервые появилась 29 марта 1884 года. В этот день прошло её первое представление под управлением Карла Альбрехта, в постановке Антона Барцала и со «спецэффектами», придуманными «волшебником московской сцены» Карлом Вальцем. Впоследствии спектакль не раз возобновлялся, а в 1906 году был представлен с обновлёнными декорациями под управлением Ульриха Авранека.
В советское время «Волшебная флейта» в репертуаре Большого театра не значилась. Её возвращение произошло в 2005 году на Новой сцене: яркий, фантасмагорический спектакль, поставленный известным британским режиссёром Грэмом Виком и его соавтором — Полом Брауном, волшебником мировой сцены начала XX столетия. Музыкальным руководителем постановки стал также британец, Стюарт Бэдфорд, признанный интерпретатор сочинений Бриттена и Моцарта.
Премьера «Волшебной флейты» в Камерном музыкальном театре состоялась 24 сентября 2004 года. Этот спектакль стал последней работой основателя театра Бориса Покровского, соавторами которого выступили дирижёр Владимир Агронский и художники Виктор и Рафаил Вольские. Лаконичная сценография и достаточно традиционный, ясный и точный в деталях стиль постановки позволили органично воплотить на сцене последнюю оперу Моцарта. Вневременность и человечность спектакля Покровского как будто совпали с «генетическим кодом» гениальной оперы Моцарта, акцентировав внимание на музыке.